冰藻在南极的固定冰区和浮冰区广泛存在，它是南极海洋初级生产力的重要承担者之一，甚至有时会成为初级生产力的主要因素。冰藻的生物量相当高，是海水浮游植物生物量的10～20倍，曾有科学家测得冰藻的最高数量为每升海冰合3700万个冰藻细胞。

冰藻依赖阳光进行光合作用，制造有机物，贮藏在细胞内，以此自养和供养其他生物。冰藻的营养十分丰富，甚至比巧克力产生的热量还要高。冰下取样和潜水观察发现，海冰下经常有挠足类和端足类浮游动物的聚集，它们可能是摄食从冰藻层中掉下来的冰藻。此外，海冰下也常有鱼类和其他动物出没，可能是为了栖息和捕食那里的浮游生物。

海洋浮游植物是南极海洋食物链的最初一环，而冰藻又是这最初一环的“种子”。当南极的冬季来临时，冰藻进入海冰，像种子一样，贮存在海冰中，安然无恙地度过漫长而昏暗的寒冬。夏季海冰融化时，将其释放出来，播种到海水中去。冰藻一进入海水就像出笼的鸟一样，自由自在，分外活跃。它充分利用短暂夏季的明媚阳光和海水的丰富营养，迅速生长、繁殖，顿时使碧蓝的大海变成绿棕色，从而招来了磷虾等摄食冰藻的浮游动物，同时，也招来许多捕食浮游动物的海鸟和海豹等大型动物。于是，一个庞大的浮冰区的食物链便由此产生。冰藻在南极海洋生态系中是冰区浮游动物的重要营养来源，是食物链中基础的一环，也是南大洋生物链中重要的一环。